Data Mining for Identification of Forkhead Box O (FOXO3a) in Different Organisms Using Nucleotide and Tandem Repeat Sequences

نویسندگان

  • Ahad Yamchi Department of Plant Breeding and Biotechnology, Gorgan University of Agricultural Sciences and Natural Resources, Gorgan, Iran
  • Majid Shahbazi Medical Cellular and Molecular Research Center, Golestan University of Medical Sciences, Gorgan, Iran.
  • Masood Golalipour Medical Cellular and Molecular Research Center, Golestan University of Medical Sciences, Gorgan, Iran.
  • Sabah Mayahi Department of Molecular Medicine, School of Advanced Technologies in Medicine, Golestan University of Medical Sciences, Gorgan, Iran.
چکیده مقاله:

 Background: Deregulation of FOXO3a gene which belongs to Forkhead box O (FOXO) transcription factors, can cause cancer (e.g. breast cancer). FOXO factors have important role in ubiquitination, acetylation, de-acetylation, protein-protein interactions and phosphorylation. Understanding the regulation and mechanisms of FOXO3a can lead to cancer treatment. The aim of this study recent association of data mining with genetics has provided a strong tool for knowledge discovery. Materials and Methods: Using genetics and bioinformatics, 30 sequences of FOXO3a genes were extracted from different species and were used in two datasets including 65 nucleotide features and 51 tandem repeat sequences. Then, we used different feature weighting and decision tree data mining algorithms on these datasets. Results: Among nucleotide features, the frequency of AA dinucleotide was the most important genomic feature for FOXO3a gene identification. Among tandem repeat sequences, the strings of TTTTTTTTT, GAGGAGGAG, CGGCGGCGGCGG and CGGCGGCGGCGGCGG were the most effective ones to distinguish FOXO3A gene between different species. Conclusion: The results of this study are important in understanding FOXO3a gene and developing a pathway for cancer and gene therapies in humans.

برای دانلود باید عضویت طلایی داشته باشید

برای دانلود متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

the clustering and classification data mining techniques in insurance fraud detection:the case of iranian car insurance

با توجه به گسترش روز افزون تقلب در حوزه بیمه به خصوص در بخش بیمه اتومبیل و تبعات منفی آن برای شرکت های بیمه، به کارگیری روش های مناسب و کارآمد به منظور شناسایی و کشف تقلب در این حوزه امری ضروری است. درک الگوی موجود در داده های مربوط به مطالبات گزارش شده گذشته می تواند در کشف واقعی یا غیرواقعی بودن ادعای خسارت، مفید باشد. یکی از متداول ترین و پرکاربردترین راه های کشف الگوی داده ها استفاده از ر...

data mining rules and classification methods in insurance: the case of collision insurance

assigning premium to the insurance contract in iran mostly has based on some old rules have been authorized by government, in such a situation predicting premium by analyzing database and it’s characteristics will be definitely such a big mistake. therefore the most beneficial information one can gathered from these data is the amount of loss happens during one contract to predicting insurance ...

15 صفحه اول

development of different optical methods for determination of glucose using cadmium telluride quantum dots and silver nanoparticles

a simple, rapid and low-cost scanner spectroscopy method for the glucose determination by utilizing glucose oxidase and cdte/tga quantum dots as chromoionophore has been described. the detection was based on the combination of the glucose enzymatic reaction and the quenching effect of h2o2 on the cdte quantum dots (qds) photoluminescence.in this study glucose was determined by utilizing glucose...

Forkhead box O-class 1 and Forkhead box G1 as Prognostic Markers for Bladder Cancer

Forkhead box O-class 1 (FOXO1) is a key regulator of glucose homeostasis, cell-cycle progression, and apoptosis. Its functions are modulated by forkhead box G1 (FOXG1), which acts as a transcriptional repressor with oncogenic potential. Real-time PCR and immunohistochemical staining were performed in 174 primary bladder cancer specimens and 21 normal bladder mucosae to evaluate these genes. FOX...

متن کامل

metrics for the detection of changed buildings in 3d old vector maps using als data (case study: isfahan city)

هدف از این تحقیق، ارزیابی و بهبود متریک های موجود جهت تایید صحت نقشه های قدیمی سه بعدی برداری با استفاده از ابر نقطه حاصل از لیزر اسکن جدید شهر اصفهان می باشد . بنابراین ابر نقطه حاصل از لیزر اسکنر با چگالی حدودا سه نقطه در هر متر مربع جهت شناسایی عوارض تغییر کرده در نقشه های قدیمی سه بعدی استفاده شده است. تمرکز ما در این تحقیق بر روی ساختمان به عنوان یکی از اصلی ترین عارضه های شهری می باشد. من...

comparative dna interaction studies of antiviral drug, zidovudine and its complex using different instrumental methods

هدف از این مطالعه بررسی امکان استفاده از داروهای شناخته شده در درمان سایر بیماریها به عنوان داروهای ضد سرطان است. همچنین با استفاده از این داروها در ساختمان کمپلکس فلز می توان شاخص های دارویی بدست آمده را بررسی نمود. داروی ضد ویروس ایدز(hiv)به نام زیدوودین(azt)انتخاب و.کمپلکس.محلول.در.آب[pt(azt)2]cl2سنتزو به روشهای مختلف فیزیکی و شیمیایی شناسایی گردید. بر هم کنش مقایسه ای این دارو و کمپلکس پلا...

15 صفحه اول

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}


عنوان ژورنال

دوره 8  شماره 1

صفحات  17- 30

تاریخ انتشار 2020-02

با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.

کلمات کلیدی

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023